EKZOM ANALİZLERİ
Tüm Ekzom Analizi; DNA’da bulunan tüm genlerin yani 20.000 genin tek bir test ile incelenmesi
İnsan genomu, 3 milyar nükleotidin veya harflerin (A, G, T, C) bir araya gelmesi sonucu oluşmaktadır. Ekzom; insan genomunun sadece %1-2'sini oluşturmasına rağmen, günümüzde tanımlanan hastalıklara neden olan varyantların yaklaşık %85’ini içermektedir. Ekzomun yaklaşık %95'i dizilenebilmektedir. Tanısal değeri, %20-30 oranındadır.
Tüm ekzom analizi, genomdaki tüm protein kodlayan genlerin dizilimini belirlemek amacıyla tasarlanmış bir laboratuvar testidir.
Tüm Ekzom Analizi Neden Gereklidir?
- Klinik bulgularla net bir tanıya ulaşılamayan ya da hasta için uygun genetik testin tam olarak belirlemediği (ilgili geni henüz tanımlanmamış olabilir) durumlarda genetik tanı için tüm genlerin analiz edilmesi en uygun yol olabilmektedir.
- Günümüzde genel uygulama, hastalıkların tanısında literatürde bildirilen olgularda sıklıkla gözlenen değişimleri taşıyan genin analiz edilmesidir. Değişimlerin yoğun olarak görüldüğü gende mutasyon saptanmadığı durumda ise diğer genler sıralı olarak analiz edilmektedir. Ancak bu durum hem maliyeti arttırmakta hem de sonucun belirlenmesinde ciddi zaman kaybı oluşturmaktadır.
- Klinikte bazı hastalıkların benzer bulguları nedeniyle ayırıcı tanısının yapılamaması, bazı sendromlarda birden fazla genin hastalık fenotipinin ortaya çıkmasında etkili olabileceğinden çok sayıda genin birlikte analiz edilmesi gerekebilmektedir.
Kimler ekzom analizi yaptırmalıdır?
ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics) kılavuzuna göre tüm ekzom dizi analizi için test endikasyonları:
- Aile öyküsünde veya fenotipik özelliklerinde güçlü bir şekilde genetik etiyolojinin varlığını gösteren ancak fenotipin hedef bir gendeki mutasyonlar nedeniyle oluşan spesifik bir bozukluk ile uyumlu olmayan hastalarda
- Hastada net bir genetik hastalık tablosu mevcut; ancak yüksek düzeydeki genetik heterojenite nedeniyle birden fazla genin eş zamanlı olarak çalışılmasının daha pratik olduğu durumlarda
- Klinik fenotipin birçok hastalık ile örtüşmesi durumunda
- Hastada olası bir genetik hastalık tablosu mevcut; ancak daha önce yaptırılan genetik analizler ile tanı konulamadığı durumlarda
- Fetüsün olası bir genetik hastalık tablosu varlığında; spesifik genetik testler ile tanı konulamadığı durumlarda
Tüm Ekzom Analizinin Gerekli Olabildiği Heterojen Hastalıklardan Bazıları:
- Mental Retardasyon
- Kardiyomiyopati
- Epilepsi
- Ataksi
- Nöropati
- İşitme Problemleri
- Retinitis Pigmentosa
- Metabolik Bozukluklar
- Boy kısalığı
- Karmaşık dismorfi
Testin Aşamaları
Tüm Ekzonların Dizilenmesi
Test sonuçlarının raporlandırılması
|
Tüm Ekzom Analizi (~20.000 gen; hedef bazların >%97’sinde >10x kapsam düzeyi; sensitivite: ~%93.2) |
Klinik Ekzom Analizi
Klinik ile ilişkili 6.700 genin analiz edildiği NGS panelidir. Bu panel ile 3.200 genetik hastalık incelenmektedir. Bilinen klinik fenotiplerle ilişkili tüm genlerin kodlama yapan bölgelerine odaklanarak, hastalıkla ilgili olmayan genetik bölgeleri dizilemekten kaynaklanan net olmayan sonuçları önler. Bu paneldeki yaklaşık 4000 genin kodlama bölgeleri, %100 kapsam ile analiz edilebilmektedir.
|
Klinik Ekzom Analizi (~6.700 gen, 3200 hastalık; hedef bazların >%95’inde ≥ 20X kapsam düzeyi; sensitivite ~94.1% ) |
Klinik ve Tüm Ekzom Analizlerinin Karşılaştırılması
| Test | Analiz edilen gen sayısı | Kapsam | Spesifik mutasyonu tespit edebilme oranı |
|---|---|---|---|
| Tüm Ekzom Analizi | ~20,000 | ~%97’sinde >10x | ~93.2% |
| Klinik Ekzom Analizi | ~6,700 | ~%95’inde >20x | ~94.1% |